Dnes je značná časť povrchových vôd pevniny znečistená a hľadanie pitnej a čistej vody je čoraz ťažšie. Najväčšie škody na stave vodného prostredia sú spôsobené ľudskou hospodárskou činnosťou.
Látky, ktoré znečisťujú vodné útvary, vstupujú do vodného prostredia z antropogénnych aj prírodných zdrojov. Medzi tieto patria ničenie hornín, sopečná činnosť a odpadové produkty vodných organizmov. Antropogénnymi zdrojmi sú populačný rast, rozvoj poľnohospodárskej a priemyselnej výroby. Domáce, priemyselné a poľnohospodárske odpadové vody sa vypúšťajú do okolitých vodných útvarov.
Antropogénne znečistenie sa delí na primárne a sekundárne. V primárnom prípade sa kvalita vodného prostredia zhoršuje priamo v dôsledku vstupu znečisťujúcich emisií do vodných útvarov. Sekundárne je spôsobené nadmernou koncentráciou produktov rozkladu mŕtvych vodných živočíchov, ku ktorej došlo v dôsledku porušenia ekologickej rovnováhy.
Medzi hlavné zdroje znečistenia patria drenážne vody, domáce a priemyselné odpadové vody, dažďové kanalizácie, odpadové vody z chovov hospodárskych zvierat, polí a osád, lesná doprava pozdĺž riek a vodná doprava.
Pre ľudské zdravie predstavuje osobitné nebezpečenstvo znečistenie vody organickými látkami s vysokou toxicitou - pesticídmi. Človek ich používa v procese svojho života. Keď sú veľké lesné a poľnohospodárske oblasti lietadlom ošetrené pesticídmi, až 70% týchto toxických látok prenáša vietor na stovky kilometrov, pričom znečisťuje odtoky a vodné útvary. Po zrážkach pesticídy prenikajú do pôdy, do podzemných vôd a potom do jazier a riek.
Najnebezpečnejšie z použitých pesticídov sú perzistentné organochlórové zlúčeniny, ktoré sa hromadia v tkanivách rôznych organizmov. Pretože sú zapojené napríklad do potravinového reťazca vodných organizmov, budú sa tieto zlúčeniny prenášať z jednej trofickej úrovne do druhej. Napríklad, ak rybár chytil a zjedol ryby, ktoré sa živia planktónovými kôrovcami žijúcimi v rybníku znečistenom pesticídmi, v jeho tele sa usadí jed. Odstrániť ho z tela je takmer nemožné a vysoké koncentrácie jedu môžu viesť k rakovine. Tiež syntetické detergenty - detergenty - majú vysokú biochemickú stabilitu. Keď už sú vo vodných útvaroch s toxickými odpadovými látkami, hromadia sa tiež v organizmoch vodných obyvateľov a potom vstupujú do ľudského tela.
Veľké nebezpečenstvo predstavuje rádionuklidy vstupujúce do vodných útvarov spolu s odpadom z elektrární, niektorých priemyselných odvetví a jadrových lodí. Najtoxickejšími minerálnymi zlúčeninami sú olovo, arzén, zinok, ortuť a meď. Do vody sa dostávajú zrážkami z atmosféry, kde sa opäť hromadia v dôsledku ľudskej činnosti (emisie z priemyselných podnikov). Odtoky z baní sú tiež bohaté na ťažké kovy. Je ťažké zbaviť sa ropy a jej derivátov. A len niekoľko vodných organizmov je schopných spracovať a zničiť olejovú suspenziu.
