V januári 2006 boli do Afganistanu nasadené Medzinárodné pomocné bezpečnostné sily (ISAF), ktoré majú americkej a britskej armáde pomáhať v boji proti islamistickému polovojenskému Talibanu. Americká vláda obvinila Taliban z prechovávania hlavy Al-Káidy Usámu bin Ládina a požadovala jeho vydanie. Vedenie Talibanu odmietlo vyhovieť tejto požiadavke s tým, že USA neposkytli dôkazy o vine Usamu pri útokoch z 11. septembra 2001.
Do konca roku 2001 bola vojenská štruktúra Talibanu prakticky zničená a odpor jeho stúpencov mal formu guerillového hnutia. Západné krajiny investovali značné prostriedky do rozvoja demokracie a sociálnej štruktúry Afganistanu. V roku 2004 prvé prezidentské voľby v krajine vyhral Hamid Karzaj, politik, ktorý je dostatočne lojálny k Západu. Odpor stúpencov Talibanu sa však nepodarilo potlačiť. Partizáni napriek urputnej vojenskej prevahe ISAF urputne bojovali.
Francúzsko, rovnako ako ďalší členovia aliancie, utrpelo straty na zariadeniach a pracovných silách. Počas 10 rokov vojny v Afganistane bolo zabitých 83 vojakov a niekoľkokrát viac zranených. Rozhodnutie zapojiť Francúzsko do vojenskej operácie nebolo medzi obyvateľmi príliš populárne a správy o obetiach francúzskych vojakov zvyšovali nespokojnosť s vládou.
20. januára 2012 v provincii Kapisa zastrelil muž v uniforme afganskej armády 4 a zranených 16 francúzskych vojakov. Potom Nicolas Sarkozy (francúzsky prezident v rokoch 2007 až 2012) uviedol, že keďže afganská vláda nemôže zaručiť bezpečnosť francúzskych jednotiek, Francúzsko pozastavuje svoju vojenskú prítomnosť v tejto krajine. Sarkozy prisľúbil stiahnutie vojsk z Afganistanu začiatkom roku 2014.
V roku 2012 bol za prezidenta Francúzska zvolený François Hollande, ktorý ohlásil nový plán ústupu z Afganistanu. Do konca roku 2012 bude stiahnutých 2 000 príslušníkov armády, 1 400 zostane ako inštruktor a na stráženie sociálnych zariadení. Prezident svoje rozhodnutie vysvetlil skutočnosťou, že sa znížilo nebezpečenstvo teroristov, posilnila sa demokracia a krajina sa musí rozvíjať nezávisle. Hlava republiky sľúbila, že Francúzsko bude naďalej podporovať Afganistan, ale v inej podobe.
