Tretí film, Men in Black, je pokračovaním slávnej americkej komédie. V hlavnej úlohe všetci rovnakí Tommy Lee Jones a Will Smith. Režiséra sa opäť ujal Barry Sonnenfeld, výkonný producent za Stevenom Spielbergom. Film sa začal v kinách 23. mája 2012.
Úlohy negatívneho hrdinu sa tentoraz ujíma Jemaine Clement, hrá ho Boris. Toto je zločinec, ktorý ušiel z lunárnej väznice. Horí nenávisťou voči agentovi Kayovi, ktorý v júli 1969 chytil vinníka a nechal ho bez ruky. Keď Kay zrazu zistí, že Boris ušiel, vyjadruje veľkú ľútosť nad tým, že ho potom počas zadržania nezabil. Potom agent jednoducho zmizne a iba jeho partner Jay si pamätá, že existoval. Zvyšok čierneho personálu si myslí, že Kay zomrel v roku 1969 pri konfrontácii s nejakým zločincom.
Jediným vysvetlením takéhoto obrátenia reality je zmena v minulosti. Jay a agent O rozhodnú, že je do toho zapojený Boris. Potvrdzuje to ďalšia udalosť kozmického rozsahu - invázia na Zem Borisovou rasou. V bývalej realite to nebolo možné, pretože Kay nainštalovala na planétu ochranné zariadenie s názvom „ArkNet“. Teraz, v súvislosti so smrťou agenta, pred niekoľkými desaťročiami, Zem nemala bariéru pred vesmírnymi nepriateľmi.
Jay zistí, že Borisa poslal do minulosti Jeffrey Price, obchodník s elektronikou, ktorý mal vo výzbroji nelegálneho radiča času. Agentovi nezostáva nič iné, ako vycestovať späť v čase, aby zachránil svoju partnerku. A mladý Kay ho okamžite zatkne. Počas výsluchu mu Jay hovorí všetko a budúci partner tomu verí. Spoločne nájdu Arkaniana Griffina, ktorý má ArkNet. Teraz všetci traja pokračujú v ceste a vydajú sa nainštalovať ochranu na Mesiac. Ale na rakete sú zatknutí plukovníkom. Teraz sa stáva Jayovým tajným strážcom.
Od tejto chvíle sa udalosti vyvíjajú rýchlo. Hrdinovia sa stretnú s dvoma Borismi a nasleduje boj. Zločinca z budúcnosti je hodený do raketovej šachty a za ním je poslaný mladý Boris. Ochrana pre Zem bola ustanovená. A teraz by sa zdalo, že Jayova misia je splnená, ale objaví sa mladý zločinec, ktorý zázrakom prežije. Plukovník zomiera, ale aj Boris je zničený. A teraz sa vo filme objaví nová postava. Chlapec vystúpi z plukovníkovho auta a začne hľadať svojho otca. Agent sa spoznáva. Jay sa vracia do svojej doby a stretáva sa s Kay v kaviarni. Všetko sa vrátilo späť.
